การผลิตปุ๋ยอินทรีย์ในปัจจุบันกำลังเป็นที่นิยมอย่างแพร่หลาย
มีการตั้งแต่โรงงานขนาดเล็กไปจนถึงโรงงานขนาดใหญ่อยู่ทั่วประเทศ
ด้วยเหตุผลที่ปุ๋ยอินทรีย์ในปัจจุบันได้พัฒนาเป็นแบบเม็ดแล้วนั้นสามารถใช้งานได้สะดวก
เก็บรักษาได้นาน และขนย้ายได้ง่ายจึงเป็นข้อดีที่ต่างจากปุ๋ยอินทรีย์ชนิดผง
แม้จะต้องเพิ่มกระบวนการผลิตที่ซับซ้อนกว่า
แต่ในทางเศรษฐกิจแล้วการนำปุ๋ยผงมาแปรรูปเป็นปุ๋ยเม็ดนั้นเป็นการสร้างมูลค่าเพิ่มให้แก่ปุ๋ยอินทรีย์ได้ทางหนึ่ง
อีกทั้งยังเป็นการนำวัตถุดิบที่มีอยู่ในท้องถิ่น อาทิเช่น มูลสัตว์ เศษซากพืช
มาใช้ให้เกิดประโยชน์ในการปรับปรุงบำรุงดินอีกด้วย
ในกระบวนการผลิตปุ๋ยอินทรีย์จะสามารถผสมผสานวัตถุดิบได้หลากหลาย
อาทิเช่น มูลสัตว์ เศษซากพืช น้ำหมักชีวภาพ
หินและแร่ธรรมชาติหรือแม้กระทั่งกากเหลือทิ้งจากโรงงานอุตสาหกรรม
ทั้งนี้เพื่อให้ปุ๋ยอินทรีย์เม็ดมีทั้งอินทรียวัตถุ ธาตุอาหาร จุลินทรีย์มีชีวิต
ฮอร์โมน และสารปรับสภาพดิน เป็นส่วนช่วยให้ปุ๋ยอินทรีย์เม็ดมีธาตุอาหารพืชสูงขึ้น
การผลิตปุ๋ยอินทรีย์ของทางโรงงานนั้นมีอยู่หลายรูปแบบ คือ
ปุ๋ยอินทรีย์ผง ปุ๋ยอินทรีย์อัดแท่ง ปุ๋ยอินทรีย์ปั้นเม็ด
ลักษณะเม็ดปุ๋ยที่ได้จะมีความแตกต่างกันไปตามเครื่องจักรที่ใช้ผลิต
การผลิตปุ๋ยอินทรีย์ผงจะมีลักษณะเป็นผงละเอียดที่เกิดจากการผ่านเครื่องตีป่นและมีความชื้นเล็กน้อยที่เกิดจากการหมัก
การผลิตปุ๋ยอินทรีย์อัดแท่งจะใช้เครื่องอัดเม็ดที่เกิดจากลูกกลิ้งอัดผ่านรูออกมาเหมือนเม็ดกิมจ๊อ
การผลิตปุ๋ยปั้นเม็ดจะใช้เครื่องจักรที่เรียกว่าจานปั้นเม็ด
เม็ดปุ๋ยที่ออกมาจะมีลักษณะกลมมน
ก่อนที่จะนำวัสดุอินทรีย์เข้าสู่กระบวนการผลิตจะต้องผ่านขั้นตอนการเตรียมวัตถุดิบเหมือนกัน
เช่น การหมักวัตถุดิบ การบดวัตถุดิบ
การหมักวัตถุดิบก่อนการผลิตเป็นเม็ดต้องมีการย่อยสลายโดยสมบูรณ์ก่อน
ซึ่งต้องมีค่า C/N (อัตราส่วนคาร์บอน/ไนโตรเจน)
อยู่ในช่วงไม่เกิน 20/1 ซึ่งมีค่าใกล้เคียงกับดิน
ค่านี้หมายถึงกระบวนการย่อยสลายของจุลินทรีย์เสร็จสิ้นแล้ว
เมื่อนำไปใส่ลงดินจะไม่มีจุลินทรีย์ทำงานและไม่ไปแย่งไนโตรเจนจากพืชซึ่งจะทำให้พืชไม่โต
โดยปกติวัตถุดิบต่างๆ ก่อนหมักจะมีค่า C/N แตกต่างกันไป
วิธีการหมักให้เกิดการย่อยสลายจะมีผลให้ค่า C/N
ลดลงอยู่ในช่วงที่เหมาะสม เมื่อหมักสมบูรณ์จะไม่มีความร้อนเกิดขึ้น
การบดวัตถุดิบ ปุ๋ยที่จะทำการผลิตเป็นเม็ดต้องมีอนุภาคที่เล็ก
หากมีอนุภาคที่ใหญ่เมื่อใช้งานการย่อยสลายก็ช้าไปด้วย
และจะมีปัญหาในขั้นตอนการผลิตเป็นเม็ด ซึ่งการบดยิ่งบดให้เป็นลักษณะเหมือน
